18世纪中叶，清王朝西北边疆遭遇严峻挑战。准噶尔蒙古势力扩张不仅威胁新疆，也牵动西藏局势。面对这种压力，清廷原先以临时派遣钦差为主的做法难以奏效，边疆治理体系需要调整。史料表明，清军入藏平定准噶尔的军事行动，直接推动了西宁办事大臣和赴藏办事大臣等体系的建立。随着战事推进，1759年平定大小和卓叛乱后，清廷又尝试在叶尔羌等地建立相对固定的驻防安排。这个时期逐步形成“将军—参赞大臣—办事大臣”的层级结构，体现出军事控制与行政管理并行的治理模式。边疆治理的关键难题，在于地方权力结构的复杂。在回疆地区，传统的领主分封与新兴的伯克管理并存；西藏则呈现和硕特蒙古与甘丹颇章政权并立的格局。1765年乌什回民起义暴露出驻防大臣与地方伯克相互勾连的问题，促使乾隆帝增设乌什参赞大臣，并强化对官员的监督。西藏治理的特殊性更为突出。1789年后，清廷对驻藏大臣的约束明显加强。档案记载，乾隆五十四年（1789年），三位驻藏大臣因处理宗教事务失当遭到重罚；嘉庆年间又出现驻藏大臣被控受贿的案件。这些事件显示，中央对西藏政教事务的介入不断加深。分析认为，清廷采取更严措施有两层原因：其一，回疆官员腐败引发民变的教训在前；其二，出于对藏传佛教势力过度扩张的警惕。1792年廓尔喀战役后，清廷借鉴参赞大臣军政合一的经验，推动驻藏大臣制度调整，重点指向事权分散等问题。历史学者指出，这一轮边疆制度改革影响深远。驻藏大臣体制完善，标志着清朝对西藏治理走向制度化；参赞大臣体系在新疆的运作，则为后来的行省制改革提供了经验基础。这些措施一上强化中央统合能力，另一方面也为多民族国家的疆域整合提供了制度支撑。
回看清代治边制度的形成与演进可以看到，边疆稳定很难依赖一次战役胜利或短期措施维系，而是在持续压力下不断修补制度、整顿权力运行、夯实基层治理的结果。参赞大臣与驻藏大臣体制在冲突与治理中的相互塑造，也提示我们：越是形势复杂、结构多元的地区，越需要以制度化、规范化的治理能力，为长期稳定提供支撑。