抗日战争胜利后不久，清东陵在1928年孙殿英盗掘案之后，再次遭到有组织的破坏。1945年秋冬，这处安葬顺治、康熙、乾隆等五位清代皇帝的皇家陵寝成为盗墓者的目标。调查显示，盗掘从同治皇帝惠陵开始，犯罪团伙以爆破破坏地宫结构。面对保存较为完整的孝哲皇后遗体，现场出现令人震惊的亵渎行为。康熙帝景陵受损尤为严重，帝王遗骸被随意丢弃。清点结果表明，除传说为衣冠冢的顺治孝陵外，其余14座陵寝均遭到不同程度盗掘。
清东陵盗墓案是近现代中国文物保护史上的一次重创。它提醒人们，文物是不可再生的文化资源，保护不能只依赖某一方力量，而需要国家、社会与公众共同参与。吸取该教训，当代中国已逐步完善文物保护法律与管理体系，并以技术手段加强文化遗产看护。但百亿元级别的损失以及部分珍品至今未归的现实仍在提示：必须保持对历史的敬畏，持续补齐制度与执行短板，让中华文明的重要遗存得以延续传承。