英伟达和deepmind 联手破解蛋白质折叠难题

2021年,AlphaFold数据库给科学界送来了个大礼包,现在这数据库已经收录了超过2亿种蛋白质结构。这背后离不开英伟达和DeepMind的联手。DeepMind搞出了AlphaFold这个AI系统,专门解决蛋白质折叠这个五十年没搞定的难题。以前科学家只能靠X射线或者冷冻电镜慢慢磨,费钱又费力,现在用AlphaFold预测蛋白质结构几分钟就能搞定。这次英伟达又给它加把劲,用上了最新的Hopper架构GPU和DGX超级计算系统,处理数据的速度一下就上来了。 英伟达在深度学习这块是老大,GPU技术那是相当厉害。有了他们的加持,科学家能更快地探索那些平时碰不到的蛋白质家族。比如说那些生活在极端环境下的微生物蛋白,或者没怎么研究过的稀有物种蛋白。这次扩展不光是数量多了点,质量和深度也上去了。新版数据库里会有很多特别复杂的拓扑结构,还有蛋白质跟配体、蛋白质跟蛋白质互动的复合物结构。 这些预测结果对搞懂细胞里的信号传导、酶催化反应特别有用。比如现在抗生素耐药性这么严重,赶紧解析细菌新型蛋白的结构就能帮着设计更好的抑制剂;在癌症治疗上,精准预测肿瘤蛋白的构象变化也是设计靶向药物的关键依据。 更让人高兴的是,这次合作特别讲开放科学的精神。扩展后的AlphaFold数据库还是免费给全球科研社区用。不管是大机构还是发展中国家的实验室,或者是高校的年轻学者,都能随便用这些数据。这就大大降低了生命科学的门槛,让大家都能参与进来探索生命奥秘。