战事平息后，治理压力随之而来。十余年倭患让东南沿海伤痕累累——百姓失所、田地荒废、海塘破损、渔业停摆。面对残局——谭纶没有停留在战功上——而是迅速把重心转向民生恢复和地方重建。谭纶深知，仗打完不等于困难就此结束。他上疏朝廷，陈述沿海州府百姓困境，请求减免三年赋税，并拨赈灾粮与白银，用于安置流民、重建家园、修复海塘。他在疏中写道：“倭患虽平，民力已竭，若不抚之，恐生新乱。”这既是对现实的判断，也是对社会稳定的提醒。朝廷最终采纳其请，使东南灾后重建得以推进。
谭纶的经历不止是一段个人传奇，也为观察中国古代官僚治理提供了生动样本。他把军事震慑与民生修复并重，将法度执行与自身示范结合，其治理思路对今天仍有启发。史册之外，“谭青天”的民间称呼所指向的，不只是政绩，更是民心所向的尺度。