忽必烈一统漠南后，就把漠北的那些老贵族给彻底惹恼了。那些人本来打算推举阿里不哥当大汗，结果忽必烈非得自己上位。海都瞅准了这个空子，想着怎么趁着元朝内战把自家的窝阔台汗国给搭起来。1260年，海都开始拉拢窝阔台的旧部，准备跟忽必烈对着干。这时候阿里不哥在北边和忽必烈打得正凶，海都这边就在南边把他的孙子甘麻剌给揍了一顿。 等到1289年，海都把察合台汗国的都哇拉过来凑一块打忽必烈，在杭爱山把甘麻剌打得大败。元成宗上台后还不服输，又跑去跟元朝干仗。不过海都的好景不长，后来他死了之后，窝阔台内部就乱套了。到了1304年，虽然大家决定不打仗了要和解，但元朝哪能容得下他们？在元成宗的支持下，察合台汗国慢慢就把窝阔台的地盘给吞了。等到1309年的时候，窝阔台汗国就彻底被元朝给灭掉了。